我校制药工程本科专业2002年开始招生，先后入选江苏省特色专业和“十二五”江苏省高等学校重点专业类（化工与制药类）。2009年开始与中国矿业大学联合培养硕士研究生，毕业29人。2013年我校获批硕士学位授予单位，在“化学工程与技术”、“海洋科学”一级学科下设立“海洋天然药物化学”、“海洋生物制药与制品”、“医药及中间体合成工艺”、“生物制剂工程”等研究方向，已招收3届研究生57人。毕业研究生均在核心以上期刊发表研究论文1篇以上，社会评价整体较高。
“药学”入选省“十三五”重点建设学科，拥有江苏省海洋药物活性分子筛选重点实验室，3个江苏省实验教学示范中心、2个市重点实验室。海洋生物产业技术协同创新中心（含海洋生物制药方向）入选首批培育建设江苏高校协同创新中心；“海洋药物生物技术团队”获批2015年省高校优秀科技创新团队。近3年师均科研经费人均累计45.7万元。近5年发表研究论文107篇，获授权发明专利26件，出版专著及教材4部；获得省级教育教学成果奖3项。教学部门负责人具有教授职称和博士学位；专任教师全部在60岁以下，35岁以下占14%，均具有外单位硕士以上学位，博士比为89%，82%具有副高以上职称，39.3%具有海外留学或工作经历。
药学专业硕士学位点以地方新医药优势产业需求为导向，结合传统化学制药和新兴生物制药，重点开发海洋药物筛选、药物绿色制造等新技术新工艺，通过校企协作、理论教学和企业实践相结合的模式，培养高层次应用型药学人才，有鲜明的专业特色。学位点师资队伍规模合适，博士学位、高级职称及海外留学人员比例高，人员结构合理，校内导师、行业导师均具有多年药学行业实践经验。
1.办学定位
以区域医药产业创新发展需求为导向，融合化学制药和生物制药，打造海洋药物特色，重点开发靶向药物筛选、药物绿色制造等新技术和新方法。按照“品行优良、基础扎实、知行匹配、应用突出”的理念，通过校企协同，培养适应现代新药研发的高层次应用型人才。
2.社会与区域发展需求
医药产业是江苏“十三五”重点发展产业之一，规模效益全国领先，连云港是全国医药行业最具创新能力的城市，医药创新产品产值年增长超过30%。新医药人才被列为省“十三五”重点培养领域。但是本省现有培养药学硕士（含专业硕士）的13所高校中，12所集中在苏南和苏中地区。而受发展水平和地理位置限制，苏北高水平医药人才引进难度大。在我校增设药学专业硕士点，有助于打破区域医药产业高端人才瓶颈，破解企业生产在本地、研发在外地的困局。
3.标志性研究成果
限制性内切酶规模化生产工艺研究。利用广谱甲基化保护、噬菌体表面展示等技术，突破国外专利封锁，实现40多种限制酶的规模化表达，覆盖本领域80%左右的应用，打破国外企业40多年的完全垄断。
限制性核酸内切酶（简称限制酶）是一类识别并切割核酸特定位点的的核酸内切酶，是最为重要的生物医学工具酶之一，被广泛应用于DNA重组、基因定位与克隆、基因结构研究、DNA序列分析与测定、基因合成等生物医学的各个领域。目前，仅在我国限制酶每年的市场用量已超过20亿元。常用的限制性内切酶主要来源于包括海洋微生物在内的各种微生物，但由于其切割DNA的性质，使得对这一类酶的重组表达十分困难。自从上世纪70年代第一个商业化限制性内切酶上市至今，相关产品完全被国外NEB、ThermoFisher、Takara等少数几家企业垄断。
实验室针对限制酶的活性及毒性特点，避开国外企业的专利壁垒，设计出多种策略来消除细胞毒性，包括i）使用广谱甲基化酶保护宿主细胞DNA。由于广谱甲基化酶的作用位点具有较高的出现频率，在宿主细胞DNA序列上往往形成高频率的甲基化修饰，这种被修饰的DNA能抵抗大部分限制酶的消化。ii）使用噬菌体同步展示法表达限制酶。“T4噬菌体同步展示技术”是本实验研发的独有技术，在此展示技术中，外源蛋白的表达属于瞬时高效表达，大大减少了毒性蛋白对表达宿主的伤害，因此十分适合具有细胞毒性的限制酶的表达。目前实验室已实现了47种快速限制酶的规模化表达，申请发明专利2项，发表研究论文2篇。相关成果已实现产业化，打破了国外企业对此类产品的完全垄断，产品数量仅次于NEB和ThermoFisher，位居世界第三。经国内多所国内知名高校和科研院所验证，性能不亚于国外同类产品。
4.对产业创新和社会发展的主要贡献
实验室所研发的限制性内切酶等系列生物医药工具酶打破了国外少数企业在该领域40余年的完全垄断，成果已初步实现产业化，据用户测算可以降低研发成本约40%。
