生物工程学科多年来依托发酵工程、食品工程、海洋科学、生物技术、水产养殖等多个学科建设，结合江苏沿海地方产业和海洋经济发展，形成了具有海洋特色新的交叉学科。2012年获批“十二五”江苏省一级重点建设学科，2016年通过“十二五”省重点学科的验收，成功获批“十三五”江苏省重点建设学科，2018年以优秀的成绩通过中期检查。
1、学科研究方向
主要有“海洋微生物工程”、“海水养殖种质工程”、“海洋生物功能材料和生化工程”、“水生动物病害与免疫工程”以及“水生生物活性产品加工工程”5个研究方向。
2.优质资源
建成4个省部级科研平台：“江苏省海洋生物资源与环境重点实验室”、“江苏省海洋生物技术重点实验室”、江苏省高校“海洋生物产业技术”协同创新中心、“江苏省中小企业海洋生物产业公共技术服务平台”；建成江苏省唯一“海水养殖病害远程诊断平台”1个；继续建设以新品种培育为主体的综合产学研基地3个；培育水产蛋白为主体的综合产学研基地1个。
3.创新团队
“海洋甲壳类种质资源发掘与创新”获批省级创新团队；团队现有教授22人，博士39人，其中新增教授7人，新增博士20人。入选省级人才19人次，其中“333工程”4人、“六大人才高峰”10人、“青蓝工程”2人，江苏省“双创博士”3人。
4.人才培养
与上海海洋大学联合培养食品科学与工程专业博士研究生4名；生物工程、生物技术等相关专业考研率保持在26%以上；水产养殖学专业省品牌专业2018年以良好成绩通过了中期考核。水产养殖学专业国家级特色专业建设点，全面超额完成建设任务书的目标，达到了验收要求（教育部尚未对该批特色专业组织验收）；与企业共建研究生工作站9个。
5.科研创新
承担国家级课题8项，省部级课题21项，市厅级项目35项，横向课题36项，科研经费2050万元；获得省部级科技成果奖2项，市厅级科技成果奖7项；培育脊尾白虾新品系1个，培育青蛤新品系1个；开发新型海洋右旋糖酐酶制剂1个；SCI收录论文68篇，其中I区和II区16篇；获得授权专利26件；转化应用成果2项。
